Cannoli_2.11: CLI 0.1.0 API

defaultCommandGroups

deferMerging

BcftoolsArgs BedtoolsArgs Bowtie2Args BowtieArgs BwaArgs FreebayesArgs SampleReadsArgs SamtoolsArgs SnpEffArgs VtArgs

disableFastConcat

BcftoolsArgs BedtoolsArgs Bowtie2Args BowtieArgs BwaArgs FreebayesArgs SampleReadsArgs SamtoolsArgs SnpEffArgs VtArgs

dockerCmd

dockerImage

BcftoolsArgs BedtoolsArgs Bowtie2Args BowtieArgs BwaArgs FreebayesArgs SamtoolsArgs SnpEffArgs VtArgs