Hierarchy For All Packages

Package Hierarchies:

• org.biopax.paxtools.io.sif,
• org.biopax.paxtools.io.sif.level2,
• org.biopax.paxtools.io.sif.level3

Class Hierarchy

• java.lang.Object
  • java.util.AbstractCollection<E> (implements java.util.Collection<E>)
    • java.util.AbstractSet<E> (implements java.util.Set<E>)
      • java.util.HashSet<E> (implements java.lang.Cloneable, java.io.Serializable, java.util.Set<E>)
        • org.biopax.paxtools.util.AccessibleSet<E>
          • org.biopax.paxtools.io.sif.InteractionSet
            • org.biopax.paxtools.io.sif.level3.InteractionSetL3
  • org.biopax.paxtools.io.sif.level3.ActivityNetworkAnalyzer
  • org.biopax.paxtools.impl.BioPAXElementImpl (implements org.biopax.paxtools.model.BioPAXElement)
    • org.biopax.paxtools.impl.level3.L3ElementImpl (implements org.biopax.paxtools.model.level3.Level3Element)
      • org.biopax.paxtools.impl.level3.XReferrableImpl (implements org.biopax.paxtools.model.level3.XReferrable)
        • org.biopax.paxtools.impl.level3.NamedImpl (implements org.biopax.paxtools.model.level3.Named)
          • org.biopax.paxtools.impl.level3.EntityReferenceImpl (implements org.biopax.paxtools.model.level3.EntityReference)
            • org.biopax.paxtools.io.sif.level3.Group
  • org.biopax.paxtools.io.sif.level3.Grouper
  • org.biopax.paxtools.io.sif.level3.GroupMap
  • org.biopax.paxtools.io.sif.level2.InteractionRuleL2Adaptor (implements org.biopax.paxtools.io.sif.level2.InteractionRuleL2)
    • org.biopax.paxtools.io.sif.level2.AffectsRule
    • org.biopax.paxtools.io.sif.level2.ComponentRule
    • org.biopax.paxtools.io.sif.level2.ConsecutiveCatalysisRule
    • org.biopax.paxtools.io.sif.level2.ControlRule
    • org.biopax.paxtools.io.sif.level2.ControlsTogetherRule
    • org.biopax.paxtools.io.sif.level2.ParticipatesRule
  • org.biopax.paxtools.io.sif.level3.InteractionRuleL3Adaptor (implements org.biopax.paxtools.io.sif.level3.InteractionRuleL3)
    • org.biopax.paxtools.io.sif.level3.ComponentRule
    • org.biopax.paxtools.io.sif.level3.ConsecutiveCatalysisRule
    • org.biopax.paxtools.io.sif.level3.ControlRule
    • org.biopax.paxtools.io.sif.level3.ControlsTogetherRule
    • org.biopax.paxtools.io.sif.level3.ExpressionRule
    • org.biopax.paxtools.io.sif.level3.ParticipatesRule
  • org.biopax.paxtools.io.sif.level3.PEStateChange
  • org.biopax.paxtools.io.sif.SimpleInteraction
  • org.biopax.paxtools.io.sif.SimpleInteractionConverter
  • org.biopax.paxtools.io.sif.level3.Simplify
  • java.lang.Throwable (implements java.io.Serializable)
    • java.lang.Exception
      • java.lang.RuntimeException
        • org.biopax.paxtools.io.sif.MaximumInteractionThresholdExceedException

Interface Hierarchy

• org.biopax.paxtools.io.sif.InteractionRule
  • org.biopax.paxtools.io.sif.level2.InteractionRuleL2
  • org.biopax.paxtools.io.sif.level3.InteractionRuleL3

Enum Hierarchy

• java.lang.Object
  • java.lang.Enum<E> (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
    • org.biopax.paxtools.io.sif.BinaryInteractionType
    • org.biopax.paxtools.io.sif.level3.ChangeType