Hierarchy For All Packages

Package Hierarchies:

org.molgenis, org.molgenis.controller, org.molgenis.ngs, org.molgenis.ngs.decorators, org.molgenis.ngs.importer, org.molgenis.ngs.plugins.header, org.molgenis.ngs.plugins.home, org.molgenis.ngs.plugins.worksheet, org.molgenis.ngs.services, org.molgenis.omx.auth.db, org.molgenis.omx.core.db, org.molgenis.omx.ngs, org.molgenis.omx.ngs.db, org.molgenis.omx.ngs.ui, org.molgenis.omx.observ.db, org.molgenis.omx.observ.target.db, org.molgenis.omx.observ.value.db, org.molgenis.service, org.molgenis.servlet, org.molgenis.ui

Class Hierarchy

• java.lang.Object
  • org.molgenis.framework.db.AbstractDatabase (implements org.molgenis.framework.db.Database)
    • org.molgenis.framework.db.jpa.JpaDatabase
      • org.molgenis.JpaDatabase
  • org.molgenis.util.AbstractEntity (implements org.molgenis.util.Entity, java.io.Serializable)
    • org.molgenis.omx.ngs.CapturingKit (implements org.molgenis.omx.core.Autoid)
    • org.molgenis.omx.ngs.Flowcell (implements org.molgenis.omx.core.Autoid)
    • org.molgenis.omx.ngs.FlowcellLane (implements org.molgenis.omx.core.Autoid)
    • org.molgenis.omx.ngs.Machine (implements org.molgenis.omx.core.Autoid)
    • org.molgenis.omx.ngs.NgsUser (implements org.molgenis.omx.core.Autoid)
    • org.molgenis.omx.ngs.PrepKit (implements org.molgenis.omx.core.Autoid)
    • org.molgenis.omx.ngs.Project (implements org.molgenis.omx.core.Autoid)
    • org.molgenis.omx.ngs.Project_ProjectAnalist
    • org.molgenis.omx.ngs.Sample (implements org.molgenis.omx.core.Autoid)
    • org.molgenis.omx.ngs.Sample_SampleInPool
    • org.molgenis.omx.ngs.SampleBarcode (implements org.molgenis.omx.core.Autoid)
    • org.molgenis.omx.ngs.SampleBarcodeType (implements org.molgenis.omx.core.Autoid)
  • org.molgenis.framework.ui.html.AbstractHtmlElement (implements org.molgenis.framework.ui.html.HtmlElement, org.molgenis.framework.ui.ScreenView)
    • org.molgenis.framework.ui.html.HtmlInput<E> (implements org.molgenis.framework.ui.html.HtmlElement, org.molgenis.framework.ui.html.Input<E>)
      • org.molgenis.framework.ui.html.HtmlWidget
        • org.molgenis.framework.ui.html.HtmlForm
          • org.molgenis.framework.ui.html.EntityForm<E>
            • org.molgenis.omx.ngs.ui.CapturingKitForm
            • org.molgenis.omx.ngs.ui.FlowcellForm
            • org.molgenis.omx.ngs.ui.FlowcellLaneForm
            • org.molgenis.omx.ngs.ui.MachineForm
            • org.molgenis.omx.ngs.ui.NgsUserForm
            • org.molgenis.omx.ngs.ui.PrepKitForm
            • org.molgenis.omx.ngs.ui.Project_ProjectAnalistForm
            • org.molgenis.omx.ngs.ui.ProjectForm
            • org.molgenis.omx.ngs.ui.Sample_SampleInPoolForm
            • org.molgenis.omx.ngs.ui.SampleBarcodeForm
            • org.molgenis.omx.ngs.ui.SampleBarcodeTypeForm
            • org.molgenis.omx.ngs.ui.SampleForm
  • org.molgenis.framework.db.AbstractMapper<E> (implements org.molgenis.framework.db.Mapper<E>)
    • org.molgenis.framework.db.jpa.AbstractJpaMapper<E>
      • org.molgenis.omx.ngs.db.CapturingKitJpaMapper
      • org.molgenis.omx.ngs.db.FlowcellJpaMapper
      • org.molgenis.omx.ngs.db.FlowcellLaneJpaMapper
      • org.molgenis.omx.ngs.db.MachineJpaMapper
      • org.molgenis.omx.ngs.db.NgsUserJpaMapper
      • org.molgenis.omx.ngs.db.PrepKitJpaMapper
      • org.molgenis.omx.ngs.db.Project_ProjectAnalistJpaMapper
      • org.molgenis.omx.ngs.db.ProjectJpaMapper
      • org.molgenis.omx.ngs.db.Sample_SampleInPoolJpaMapper
      • org.molgenis.omx.ngs.db.SampleBarcodeJpaMapper
      • org.molgenis.omx.ngs.db.SampleBarcodeTypeJpaMapper
      • org.molgenis.omx.ngs.db.SampleJpaMapper
  • org.molgenis.controller.AccessionController
  • org.molgenis.service.AccessionService
  • org.molgenis.controller.BoolValueController
  • org.molgenis.service.BoolValueService
  • org.molgenis.controller.CapturingKitController
  • org.molgenis.omx.ngs.db.CapturingKitEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.CapturingKitService
  • org.molgenis.controller.CategoricalValueController
  • org.molgenis.service.CategoricalValueService
  • org.molgenis.controller.CategoryController
  • org.molgenis.service.CategoryService
  • org.molgenis.controller.CharacteristicController
  • org.molgenis.service.CharacteristicService
  • org.molgenis.CsvEntityExporter
  • org.molgenis.DatabaseConfig
  • org.molgenis.controller.DataSetController
  • org.molgenis.service.DataSetService
  • org.molgenis.controller.DateTimeValueController
  • org.molgenis.service.DateTimeValueService
  • org.molgenis.controller.DateValueController
  • org.molgenis.service.DateValueService
  • org.molgenis.controller.DecimalValueController
  • org.molgenis.service.DecimalValueService
  • org.molgenis.ngs.services.DownloadFile (implements org.molgenis.framework.server.MolgenisService)
  • org.molgenis.controller.EmailValueController
  • org.molgenis.service.EmailValueService
  • org.molgenis.EntitiesImporterImpl (implements org.molgenis.framework.db.EntitiesImporter)
  • org.molgenis.EntitiesValidatorImpl (implements org.molgenis.framework.db.EntitiesValidator)
  • org.molgenis.ExcelEntityExporter
  • org.molgenis.controller.FlowcellController
  • org.molgenis.omx.ngs.db.FlowcellEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.controller.FlowcellLaneController
  • org.molgenis.omx.ngs.db.FlowcellLaneEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.FlowcellLaneService
  • org.molgenis.service.FlowcellService
  • javax.servlet.GenericServlet (implements java.io.Serializable, javax.servlet.Servlet, javax.servlet.ServletConfig)
    • javax.servlet.http.HttpServlet
      • org.molgenis.framework.server.MolgenisFrontController (implements org.molgenis.framework.server.MolgenisService)
        • org.molgenis.servlet.FrontController
  • org.molgenis.ngs.plugins.header.Header.HeaderModel
  • org.molgenis.ngs.plugins.home.Home.HomeModel
  • org.molgenis.controller.HtmlValueController
  • org.molgenis.service.HtmlValueService
  • org.molgenis.controller.HyperlinkValueController
  • org.molgenis.service.HyperlinkValueService
  • org.molgenis.ngs.importer.ImportWorksheet
  • org.molgenis.controller.IndividualController
  • org.molgenis.service.IndividualService
  • org.molgenis.controller.InstituteController
  • org.molgenis.service.InstituteService
  • org.molgenis.controller.IntValueController
  • org.molgenis.service.IntValueService
  • org.molgenis.controller.LongValueController
  • org.molgenis.service.LongValueService
  • org.molgenis.controller.MachineController
  • org.molgenis.omx.ngs.db.MachineEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.MachineService
  • org.molgenis.framework.db.MapperDecorator<E> (implements org.molgenis.framework.db.Mapper<E>)
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.AccessionSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.BoolValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.ngs.db.CapturingKitSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.CategoricalValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.CategorySecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.CharacteristicSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.DataSetSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.DateTimeValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.DateValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.DecimalValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.EmailValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.ngs.decorators.FlowcellDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.ngs.db.FlowcellLaneSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.ngs.db.FlowcellSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.HtmlValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.HyperlinkValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.IndividualSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.auth.db.InstituteSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.IntValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.LongValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.ngs.db.MachineSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.core.db.MolgenisEntitySecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.core.db.MolgenisFileSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.auth.db.MolgenisGroupSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.auth.db.MolgenisPermissionSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.auth.db.MolgenisRoleGroupLinkSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.auth.db.MolgenisRoleSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.auth.db.MolgenisUserSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.MrefValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.ngs.db.NgsUserSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.ObservableFeatureSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.ObservationSetSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.ObservationTargetSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.ObservedValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.OntologySecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.OntologyTermSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.PanelSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.PanelSourceSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.auth.db.PersonRoleSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.auth.db.PersonSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.ngs.db.PrepKitSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.ngs.db.Project_ProjectAnalistSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.ngs.db.ProjectSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.ProtocolSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.core.db.RuntimePropertySecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.ngs.db.Sample_SampleInPoolSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.ngs.db.SampleBarcodeSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.ngs.db.SampleBarcodeTypeSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.ngs.db.SampleSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.SpeciesSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.StringValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.TextValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.ValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.XrefValueSecurityDecorator<E>
  • org.molgenis.model.elements.Model (implements java.io.Serializable)
    • org.molgenis.JDBCMetaDatabase
  • org.molgenis.servlet.MolgenisContextListener (implements javax.servlet.ServletContextListener)
  • org.molgenis.MolgenisDatabasePopulator (implements org.springframework.context.ApplicationListener<E>)
    • org.molgenis.ngs.WebAppDatabasePopulator
  • org.molgenis.controller.MolgenisFileController
  • org.molgenis.service.MolgenisFileService
  • org.molgenis.framework.server.services.MolgenisGuiService
    • org.molgenis.servlet.GuiService (implements org.molgenis.framework.server.MolgenisService)
  • org.molgenis.MolgenisOptions (implements java.io.Serializable)
    • org.molgenis.servlet.UsedMolgenisOptions
  • org.molgenis.controller.MrefValueController
  • org.molgenis.service.MrefValueService
  • org.molgenis.controller.NgsUserController
  • org.molgenis.omx.ngs.db.NgsUserEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.NgsUserService
  • org.molgenis.controller.ObservableFeatureController
  • org.molgenis.service.ObservableFeatureService
  • org.molgenis.controller.ObservationSetController
  • org.molgenis.service.ObservationSetService
  • org.molgenis.controller.ObservationTargetController
  • org.molgenis.service.ObservationTargetService
  • org.molgenis.controller.ObservedValueController
  • org.molgenis.service.ObservedValueService
  • org.molgenis.controller.OntologyController
  • org.molgenis.service.OntologyService
  • org.molgenis.controller.OntologyTermController
  • org.molgenis.service.OntologyTermService
  • org.molgenis.controller.PanelController
  • org.molgenis.service.PanelService
  • org.molgenis.controller.PanelSourceController
  • org.molgenis.service.PanelSourceService
  • org.molgenis.ngs.services.PerformUpload
  • org.molgenis.controller.PersonController
  • org.molgenis.controller.PersonRoleController
  • org.molgenis.service.PersonRoleService
  • org.molgenis.service.PersonService
  • org.molgenis.controller.PrepKitController
  • org.molgenis.omx.ngs.db.PrepKitEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.PrepKitService
  • org.molgenis.omx.ngs.db.Project_ProjectAnalistEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.controller.ProjectController
  • org.molgenis.omx.ngs.db.ProjectEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.ProjectService
  • org.molgenis.controller.ProtocolController
  • org.molgenis.service.ProtocolService
  • org.molgenis.controller.RuntimePropertyController
  • org.molgenis.service.RuntimePropertyService
  • org.molgenis.omx.ngs.db.Sample_SampleInPoolEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.controller.SampleBarcodeController
  • org.molgenis.omx.ngs.db.SampleBarcodeEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.SampleBarcodeService
  • org.molgenis.controller.SampleBarcodeTypeController
  • org.molgenis.omx.ngs.db.SampleBarcodeTypeEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.SampleBarcodeTypeService
  • org.molgenis.controller.SampleController
  • org.molgenis.omx.ngs.db.SampleEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.SampleService
  • org.molgenis.util.SimpleTree<T> (implements java.io.Serializable, org.molgenis.util.Tree<T>)
    • org.molgenis.framework.ui.SimpleScreenController<MODEL> (implements org.molgenis.framework.ui.ScreenController<MODEL>, java.io.Serializable)
      • org.molgenis.framework.ui.EasyPluginController<M> (implements org.molgenis.framework.ui.ScreenModel, org.molgenis.framework.ui.ScreenView)
        • org.molgenis.omx.auth.ui.SimpleUserLogin
          • org.molgenis.ui.SimpleUserLoginPlugin
      • org.molgenis.framework.ui.FormController<E>
        • org.molgenis.ui.CapturingKitsFormController
        • org.molgenis.ui.FlowcellLanesFormController
        • org.molgenis.ui.FlowcellRunsFormController
        • org.molgenis.ui.FlowcellsFormController
        • org.molgenis.ui.PrepKitsFormController
        • org.molgenis.ui.ProjectsFormController
        • org.molgenis.ui.SampleBarcodesFormController
        • org.molgenis.ui.SampleBarcodeTypesFormController
        • org.molgenis.ui.Samples1FormController
        • org.molgenis.ui.Samples2FormController
        • org.molgenis.ui.SequencersFormController
        • org.molgenis.ui.UsersFormController
      • org.molgenis.framework.ui.MenuController
        • org.molgenis.ui.ConfigurationMenu
        • org.molgenis.ui.MainMenu
      • org.molgenis.framework.ui.PluginModel<E> (implements org.molgenis.framework.ui.ScreenModel)
        • org.molgenis.ngs.plugins.header.Header
          • org.molgenis.ui.Ngs_HeaderPlugin
        • org.molgenis.ngs.plugins.home.Home
          • org.molgenis.ui.HomePlugin
        • org.molgenis.ngs.plugins.worksheet.Worksheet
          • org.molgenis.ui.WorksheetPlugin
  • org.molgenis.controller.SpeciesController
  • org.molgenis.service.SpeciesService
  • org.molgenis.controller.StringValueController
  • org.molgenis.service.StringValueService
  • org.molgenis.controller.TextValueController
  • org.molgenis.service.TextValueService
  • org.molgenis.ngs.services.UploadFile (implements org.molgenis.framework.server.MolgenisService)
  • org.molgenis.ngs.decorators.ValidateFlowcellValue<E>
  • org.molgenis.controller.ValueController
  • org.molgenis.service.ValueService
  • org.molgenis.ngs.services.ViewFile (implements org.molgenis.framework.server.MolgenisService)
  • org.molgenis.ngs.WebAppConfig.RootController
  • org.molgenis.ngs.WebAppInitializer (implements org.springframework.web.WebApplicationInitializer)
  • org.springframework.web.servlet.config.annotation.WebMvcConfigurerAdapter (implements org.springframework.web.servlet.config.annotation.WebMvcConfigurer)
    • org.molgenis.ngs.WebAppConfig
  • org.molgenis.ngs.plugins.worksheet.WorksheetModel
  • org.molgenis.controller.XrefValueController
  • org.molgenis.service.XrefValueService