Hierarchy For All Packages

Package Hierarchies:

• org.molgenis,
• org.molgenis.bbmri,
• org.molgenis.cbm,
• org.molgenis.controller,
• org.molgenis.gids.tools.compare,
• org.molgenis.gids.tools.convertor,
• org.molgenis.jaxb,
• org.molgenis.omx,
• org.molgenis.omx.auth.db,
• org.molgenis.omx.controller,
• org.molgenis.omx.core.db,
• org.molgenis.omx.observ.db,
• org.molgenis.omx.observ.target.db,
• org.molgenis.omx.observ.value.db,
• org.molgenis.omx.patient.db,
• org.molgenis.omx.study.db,
• org.molgenis.omx.workflow.db,
• org.molgenis.omx.xgap.db,
• org.molgenis.sampletab,
• org.molgenis.servlet

Class Hierarchy

• java.lang.Object
  • org.molgenis.framework.db.AbstractDatabase (implements org.molgenis.framework.db.Database)
    • org.molgenis.framework.db.jpa.JpaDatabase
      • org.molgenis.SecuredJpaDatabase
      • org.molgenis.UnsecuredJpaDatabase
  • org.molgenis.controller.AccessionController
  • org.molgenis.jaxb.Address
  • org.molgenis.jaxb.AnnotationAvailabilityProfile
  • org.molgenis.jaxb.AnnotationAvailabilityProfile.ProvidesInformationTo
  • org.molgenis.bbmri.BbmriToOmxConverter
  • org.molgenis.controller.BoolValueController
  • org.molgenis.controller.CategoricalValueController
  • org.molgenis.controller.CategoryController
  • org.molgenis.jaxb.CbmNode
  • org.molgenis.jaxb.CbmNode.Protocols
  • org.molgenis.cbm.CbmXmlParser
  • org.molgenis.controller.CharacteristicController
  • org.molgenis.controller.ChromosomeController
  • org.molgenis.controller.CloneController
  • org.molgenis.jaxb.CollectionProtocol
  • org.molgenis.jaxb.CollectionProtocol.Enrolls
  • org.molgenis.jaxb.CollectionProtocol.ResidesAt
  • org.molgenis.gids.tools.convertor.ConvertGidsMain
  • org.molgenis.DatabaseConfig (implements org.springframework.transaction.annotation.TransactionManagementConfigurer)
  • org.molgenis.controller.DataSetController
  • org.molgenis.controller.DateTimeValueController
  • org.molgenis.controller.DateValueController
  • org.molgenis.controller.DecimalValueController
  • org.molgenis.controller.DerivedTraitController
  • org.molgenis.jaxb.Diagnosis
  • org.molgenis.controller.EmailValueController
  • org.molgenis.EntitiesImporterImpl (implements org.molgenis.framework.db.EntitiesImporter)
  • org.molgenis.EntitiesValidatorImpl (implements org.molgenis.framework.db.EntitiesValidator)
  • org.molgenis.controller.EnvironmentalFactorController
  • org.molgenis.controller.GeneController
  • org.molgenis.controller.GroupAuthorityController
  • org.molgenis.controller.HtmlValueController
  • org.molgenis.controller.HyperlinkValueController
  • org.molgenis.controller.IndividualController
  • org.molgenis.controller.InstituteController
  • org.molgenis.controller.IntValueController
  • org.molgenis.controller.LongValueController
  • org.molgenis.gids.tools.convertor.MakeEntityNameAndIdentifier
  • org.molgenis.gids.tools.convertor.MakeObservableFeature
  • org.molgenis.gids.tools.convertor.MakeObservationTarget
  • org.molgenis.framework.db.MapperDecorator<E> (implements org.molgenis.framework.db.Mapper<E>)
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.AccessionSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.BoolValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.CategoricalValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.CategorySecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.CharacteristicSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.xgap.db.ChromosomeSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.xgap.db.CloneSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.DataSetSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.DateTimeValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.DateValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.DecimalValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.xgap.db.DerivedTraitSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.EmailValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.xgap.db.EnvironmentalFactorSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.xgap.db.GeneSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.auth.db.GroupAuthoritySecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.HtmlValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.HyperlinkValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.IndividualSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.auth.db.InstituteSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.IntValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.LongValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.xgap.db.MarkerSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.xgap.db.MassPeakSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.xgap.db.MetaboliteSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.core.db.MolgenisEntitySecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.core.db.MolgenisFileSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.auth.db.MolgenisGroupMemberSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.auth.db.MolgenisGroupSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.auth.db.MolgenisUserSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.MrefValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.xgap.db.NMRBinSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.ObservableFeatureSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.workflow.db.ObservationSetFlowSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.ObservationSetSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.ObservationTargetSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.ObservedValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.OntologySecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.OntologyTermSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.xgap.db.PairedSampleSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.PanelSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.PanelSourceSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.patient.db.PatientSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.auth.db.PersonRoleSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.auth.db.PersonSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.xgap.db.PolymorphismSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.xgap.db.ProbeSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.xgap.db.ProbeSetSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.xgap.db.ProteinSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.workflow.db.ProtocolFlowSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.ProtocolSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.core.db.RuntimePropertySecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.xgap.db.SampleSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.xgap.db.SNPSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.SpeciesSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.xgap.db.SpotSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.StringValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.study.db.StudyDataRequestSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.TextValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.xgap.db.TrackSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.xgap.db.TranscriptSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.auth.db.UserAuthoritySecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.ValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.xgap.db.VariantSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.XrefValueSecurityDecorator<E>
  • org.molgenis.controller.MarkerController
  • org.molgenis.controller.MassPeakController
  • org.molgenis.controller.MetaboliteController
  • org.molgenis.model.elements.Model (implements java.io.Serializable)
    • org.molgenis.JDBCMetaDatabase
  • org.molgenis.controller.MolgenisEntityController
  • org.molgenis.controller.MolgenisFileController
  • org.molgenis.controller.MolgenisGroupController
  • org.molgenis.controller.MolgenisGroupMemberController
  • org.molgenis.MolgenisOptions (implements java.io.Serializable)
    • org.molgenis.servlet.UsedMolgenisOptions
  • org.molgenis.framework.ui.MolgenisPluginController
    • org.molgenis.omx.controller.BackgroundController
    • org.molgenis.omx.controller.CbmToOmxConverterController
    • org.molgenis.omx.controller.ContactController
    • org.molgenis.omx.controller.HomeController
    • org.molgenis.omx.controller.NewsController
    • org.molgenis.omx.controller.ReferencesController
  • org.molgenis.controller.MolgenisUserController
  • org.molgenis.controller.MrefValueController
  • org.molgenis.controller.NMRBinController
  • org.molgenis.jaxb.ObjectFactory
  • org.molgenis.controller.ObservableFeatureController
  • org.molgenis.controller.ObservationSetController
  • org.molgenis.controller.ObservationSetFlowController
  • org.molgenis.controller.ObservationTargetController
  • org.molgenis.controller.ObservedValueController
  • org.molgenis.controller.OntologyController
  • org.molgenis.controller.OntologyTermController
  • org.molgenis.jaxb.Organization
    • org.molgenis.jaxb.Institution
  • org.molgenis.controller.PairedSampleController
  • org.molgenis.controller.PanelController
  • org.molgenis.controller.PanelSourceController
  • org.molgenis.jaxb.ParticipantCollectionSummary
  • org.molgenis.jaxb.ParticipantCollectionSummary.IsClassifiedBy
  • org.molgenis.jaxb.ParticipantCollectionSummary.Provides
  • org.molgenis.jaxb.ParticipantCollectionSummary.Receives
  • org.molgenis.jaxb.PatientAgeGroupAtCollection
  • org.molgenis.jaxb.PatientAgeGroupAtCollection.DescribesPatientAge
  • org.molgenis.controller.PatientController
  • org.molgenis.jaxb.Person
    • org.molgenis.jaxb.SpecimenCollectionContact
  • org.molgenis.controller.PersonController
  • org.molgenis.controller.PersonRoleController
  • org.molgenis.controller.PolymorphismController
  • org.molgenis.jaxb.Preservation
  • org.molgenis.jaxb.Preservation.IsAppliedTo
  • org.molgenis.controller.ProbeController
  • org.molgenis.controller.ProbeSetController
  • org.molgenis.controller.ProteinController
  • org.molgenis.controller.ProtocolController
  • org.molgenis.controller.ProtocolFlowController
  • org.molgenis.jaxb.Race
  • org.molgenis.controller.RuntimePropertyController
  • org.molgenis.controller.SampleController
  • org.molgenis.gids.tools.convertor.SampleConverter
  • org.molgenis.sampletab.SampleTabOmxConverter
  • org.molgenis.controller.SNPController
  • org.molgenis.controller.SpeciesController
  • org.molgenis.jaxb.SpecimenAvailabilitySummaryProfile
  • org.molgenis.jaxb.SpecimenAvailabilitySummaryProfile.RestrictsAccessTo
  • org.molgenis.jaxb.SpecimenCollectionSummary
  • org.molgenis.controller.SpotController
  • org.molgenis.controller.StringValueController
  • org.molgenis.controller.StudyDataRequestController
  • org.molgenis.controller.TextValueController
  • org.molgenis.controller.TrackController
  • org.molgenis.controller.TranscriptController
  • org.molgenis.controller.UserAuthorityController
  • org.molgenis.gids.tools.compare.ValidationChecker
  • org.molgenis.gids.tools.compare.ValidationFile
  • org.molgenis.controller.ValueController
  • org.molgenis.controller.VariantController
  • org.molgenis.omx.WebAppDatabasePopulatorServiceImpl (implements org.molgenis.framework.db.WebAppDatabasePopulatorService)
  • org.molgenis.omx.WebAppInitializer (implements org.springframework.web.WebApplicationInitializer)
  • org.springframework.web.servlet.config.annotation.WebMvcConfigurerAdapter (implements org.springframework.web.servlet.config.annotation.WebMvcConfigurer)
    • org.molgenis.ui.MolgenisWebAppConfig
      • org.molgenis.omx.WebAppConfig
  • org.springframework.security.config.annotation.web.configuration.WebSecurityConfigurerAdapter (implements org.springframework.security.config.annotation.web.WebSecurityConfigurer<T>)
    • org.molgenis.security.MolgenisWebAppSecurityConfig
      • org.molgenis.omx.WebAppSecurityConfig
  • org.molgenis.controller.XrefValueController