Hierarchy For All Packages

Package Hierarchies:

• org.molgenis.omx,
• org.molgenis.omx.auth,
• org.molgenis.omx.auth.db,
• org.molgenis.omx.cart,
• org.molgenis.omx.config,
• org.molgenis.omx.controller,
• org.molgenis.omx.converters,
• org.molgenis.omx.core,
• org.molgenis.omx.core.db,
• org.molgenis.omx.dataset,
• org.molgenis.omx.datasetdeleter,
• org.molgenis.omx.decorators,
• org.molgenis.omx.observ,
• org.molgenis.omx.observ.db,
• org.molgenis.omx.observ.target,
• org.molgenis.omx.observ.target.db,
• org.molgenis.omx.observ.value,
• org.molgenis.omx.observ.value.db,
• org.molgenis.omx.protocol,
• org.molgenis.omx.search,
• org.molgenis.omx.services,
• org.molgenis.omx.utils,
• org.molgenis.service

Class Hierarchy

• java.lang.Object
  • org.molgenis.util.AbstractEntity (implements org.molgenis.util.Entity, java.io.Serializable)
    • org.molgenis.omx.observ.Characteristic (implements org.molgenis.omx.core.Identifiable)
      • org.molgenis.omx.observ.Category
      • org.molgenis.omx.observ.DataSet
      • org.molgenis.omx.auth.Institute (implements org.molgenis.omx.auth.ContactInterface)
      • org.molgenis.omx.observ.ObservableFeature
      • org.molgenis.omx.observ.ObservationTarget
        • org.molgenis.omx.observ.target.Individual
        • org.molgenis.omx.observ.target.Panel
      • org.molgenis.omx.observ.target.OntologyTerm
        • org.molgenis.omx.observ.target.Accession
        • org.molgenis.omx.auth.PersonRole
        • org.molgenis.omx.observ.target.Species
      • org.molgenis.omx.auth.Person (implements org.molgenis.omx.auth.PersonInterface)
      • org.molgenis.omx.observ.Protocol
    • org.molgenis.omx.core.MolgenisEntity (implements org.molgenis.omx.core.Autoid)
    • org.molgenis.omx.core.MolgenisFile (implements org.molgenis.omx.core.Identifiable)
    • org.molgenis.omx.observ.value.MrefValue_Value
    • org.molgenis.omx.observ.ObservableFeature_Definitions
    • org.molgenis.omx.observ.ObservationSet (implements org.molgenis.omx.core.Autoid)
    • org.molgenis.omx.observ.ObservedValue (implements org.molgenis.omx.core.Autoid)
    • org.molgenis.omx.observ.target.Ontology (implements org.molgenis.omx.core.Identifiable)
    • org.molgenis.omx.observ.target.Panel_Individuals
    • org.molgenis.omx.observ.target.PanelSource (implements org.molgenis.omx.core.Autoid)
    • org.molgenis.omx.observ.Protocol_Features
    • org.molgenis.omx.observ.Protocol_RequiredFeatures
    • org.molgenis.omx.observ.Protocol_Subprotocols
    • org.molgenis.omx.core.RuntimeProperty (implements org.molgenis.omx.core.Identifiable)
    • org.molgenis.omx.observ.value.Value (implements org.molgenis.omx.core.Autoid)
      • org.molgenis.omx.observ.value.BoolValue
      • org.molgenis.omx.observ.value.CategoricalValue
      • org.molgenis.omx.observ.value.DateTimeValue
      • org.molgenis.omx.observ.value.DateValue
      • org.molgenis.omx.observ.value.DecimalValue
      • org.molgenis.omx.observ.value.EmailValue
      • org.molgenis.omx.observ.value.HtmlValue
      • org.molgenis.omx.observ.value.HyperlinkValue
      • org.molgenis.omx.observ.value.IntValue
      • org.molgenis.omx.observ.value.LongValue
      • org.molgenis.omx.observ.value.MrefValue
      • org.molgenis.omx.observ.value.StringValue
      • org.molgenis.omx.observ.value.TextValue
      • org.molgenis.omx.observ.value.XrefValue
  • org.molgenis.framework.db.AbstractMapper<E> (implements org.molgenis.framework.db.Mapper<E>)
    • org.molgenis.framework.db.jpa.AbstractJpaMapper<E>
      • org.molgenis.omx.observ.target.db.AccessionJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.value.db.BoolValueJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.value.db.CategoricalValueJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.db.CategoryJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.db.CharacteristicJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.db.DataSetJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.value.db.DateTimeValueJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.value.db.DateValueJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.value.db.DecimalValueJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.value.db.EmailValueJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.value.db.HtmlValueJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.value.db.HyperlinkValueJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.target.db.IndividualJpaMapper
      • org.molgenis.omx.auth.db.InstituteJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.value.db.IntValueJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.value.db.LongValueJpaMapper
      • org.molgenis.omx.core.db.MolgenisEntityJpaMapper
      • org.molgenis.omx.core.db.MolgenisFileJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.value.db.MrefValue_ValueJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.value.db.MrefValueJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.db.ObservableFeature_DefinitionsJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.db.ObservableFeatureJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.db.ObservationSetJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.db.ObservationTargetJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.db.ObservedValueJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.target.db.OntologyJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.target.db.OntologyTermJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.target.db.Panel_IndividualsJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.target.db.PanelJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.target.db.PanelSourceJpaMapper
      • org.molgenis.omx.auth.db.PersonJpaMapper
      • org.molgenis.omx.auth.db.PersonRoleJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.db.Protocol_FeaturesJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.db.Protocol_RequiredFeaturesJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.db.Protocol_SubprotocolsJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.db.ProtocolJpaMapper
      • org.molgenis.omx.core.db.RuntimePropertyJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.target.db.SpeciesJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.value.db.StringValueJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.value.db.TextValueJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.value.db.ValueJpaMapper
      • org.molgenis.omx.observ.value.db.XrefValueJpaMapper
  • org.molgenis.framework.tupletable.AbstractTupleTable (implements org.molgenis.framework.tupletable.TupleTable)
    • org.molgenis.framework.tupletable.AbstractFilterableTupleTable (implements org.molgenis.framework.tupletable.FilterableTupleTable)
      • org.molgenis.omx.dataset.DataSetTable (implements org.molgenis.framework.tupletable.DatabaseTupleTable)
      • org.molgenis.omx.protocol.ProtocolTable (implements org.molgenis.framework.tupletable.DatabaseTupleTable)
  • org.molgenis.omx.observ.target.db.AccessionEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.AccessionService
  • org.molgenis.omx.search.AsyncDataSetsIndexer (implements org.molgenis.omx.search.DataSetsIndexer, org.springframework.beans.factory.InitializingBean)
  • org.molgenis.omx.observ.value.db.BoolValueEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.BoolValueService
  • org.molgenis.omx.observ.value.db.CategoricalValueEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.CategoricalValueService
  • org.molgenis.omx.observ.db.CategoryEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.CategoryService
  • org.molgenis.omx.observ.db.CharacteristicEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.CharacteristicService
  • org.molgenis.omx.config.DataExplorerConfig
  • org.molgenis.omx.datasetdeleter.DataSetDeleterServiceImpl (implements org.molgenis.omx.datasetdeleter.DataSetDeleterService)
  • org.molgenis.omx.observ.db.DataSetEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.DataSetService
  • org.molgenis.omx.dataset.DataSetTableIterator (implements java.util.Iterator<E>)
  • org.molgenis.omx.observ.value.db.DateTimeValueEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.DateTimeValueService
  • org.molgenis.omx.observ.value.db.DateValueEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.DateValueService
  • org.molgenis.omx.observ.value.db.DecimalValueEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.DecimalValueService
  • org.molgenis.omx.observ.value.db.EmailValueEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.EmailValueService
  • org.molgenis.omx.observ.value.db.HtmlValueEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.HtmlValueService
  • org.molgenis.omx.observ.value.db.HyperlinkValueEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.HyperlinkValueService
  • org.molgenis.omx.utils.I18nTools
  • org.molgenis.omx.search.IndexingEventListener (implements org.springframework.context.ApplicationListener<E>)
  • org.molgenis.omx.observ.target.db.IndividualEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.IndividualService
  • org.molgenis.omx.auth.db.InstituteEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.InstituteService
  • org.molgenis.omx.observ.value.db.IntValueEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.IntValueService
  • org.molgenis.omx.observ.value.db.LongValueEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.LongValueService
  • org.molgenis.framework.db.MapperDecorator<E> (implements org.molgenis.framework.db.Mapper<E>)
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.AccessionSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.BoolValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.CategoricalValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.CategorySecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.CharacteristicSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.DataSetSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.DateTimeValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.DateValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.DecimalValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.decorators.EmailValueDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.EmailValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.HtmlValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.decorators.HyperlinkValueDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.HyperlinkValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.IndividualSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.auth.db.InstituteSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.IntValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.LongValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.core.db.MolgenisEntitySecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.decorators.MolgenisFileDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.core.db.MolgenisFileSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.MrefValue_ValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.MrefValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.ObservableFeature_DefinitionsSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.ObservableFeatureSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.ObservationSetSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.ObservationTargetSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.ObservedValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.OntologySecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.OntologyTermSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.Panel_IndividualsSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.PanelSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.PanelSourceSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.auth.db.PersonRoleSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.auth.db.PersonSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.Protocol_FeaturesSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.Protocol_RequiredFeaturesSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.Protocol_SubprotocolsSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.db.ProtocolSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.core.db.RuntimePropertySecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.target.db.SpeciesSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.StringValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.TextValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.ValueSecurityDecorator<E>
    • org.molgenis.omx.observ.value.db.XrefValueSecurityDecorator<E>
  • org.molgenis.omx.MolgenisDbSettings (implements org.molgenis.framework.server.MolgenisSettings)
  • org.molgenis.omx.core.db.MolgenisEntityEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.MolgenisEntityService
  • org.molgenis.omx.core.db.MolgenisFileEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.MolgenisFileService
  • org.molgenis.framework.ui.MolgenisPluginController
    • org.molgenis.omx.datasetdeleter.DataSetDeleterController
    • org.molgenis.omx.controller.DataSetsIndexerController
  • org.molgenis.omx.observ.value.db.MrefValue_ValueEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.omx.observ.value.db.MrefValueEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.MrefValueService
  • org.molgenis.omx.decorators.NameConvention
  • org.molgenis.omx.observ.db.ObservableFeature_DefinitionsEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.omx.observ.db.ObservableFeatureEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.ObservableFeatureService
  • org.molgenis.omx.observ.db.ObservationSetEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.ObservationSetService
  • org.molgenis.omx.observ.db.ObservationTargetEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.ObservationTargetService
  • org.molgenis.omx.observ.db.ObservedValueEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.ObservedValueService
  • org.molgenis.omx.OmxConfig
  • org.molgenis.omx.observ.target.db.OntologyEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.OntologyService
  • org.molgenis.omx.observ.target.db.OntologyTermEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.OntologyTermService
  • org.molgenis.omx.observ.target.db.Panel_IndividualsEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.omx.observ.target.db.PanelEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.PanelService
  • org.molgenis.omx.observ.target.db.PanelSourceEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.PanelSourceService
  • org.molgenis.omx.auth.db.PersonEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.omx.auth.db.PersonRoleEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.PersonRoleService
  • org.molgenis.service.PersonService
  • org.molgenis.omx.observ.db.Protocol_FeaturesEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.omx.observ.db.Protocol_RequiredFeaturesEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.omx.observ.db.Protocol_SubprotocolsEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.omx.observ.db.ProtocolEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.ProtocolService
  • org.molgenis.omx.utils.ProtocolUtils
  • org.molgenis.omx.services.Report
  • org.molgenis.omx.core.db.RuntimePropertyEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.RuntimePropertyService
  • org.molgenis.omx.cart.ShoppingCartController
  • org.molgenis.omx.observ.target.db.SpeciesEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.SpeciesService
  • org.molgenis.omx.services.StorageHandler
    • org.molgenis.omx.decorators.MolgenisFileHandler
  • org.molgenis.omx.observ.value.db.StringValueEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.StringValueService
  • org.molgenis.omx.observ.value.db.TextValueEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.TextValueService
  • java.lang.Throwable (implements java.io.Serializable)
    • java.lang.Exception
      • org.molgenis.omx.decorators.MolgenisFileHandler.TypeUnknownException
      • org.molgenis.omx.converters.ValueConverterException
  • org.molgenis.omx.converters.TupleToBoolValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.TupleToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.TupleToCategoricalValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.TupleToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.TupleToDateTimeValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.TupleToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.TupleToDateValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.TupleToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.TupleToDecimalValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.TupleToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.TupleToEmailValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.TupleToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.TupleToHtmlValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.TupleToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.TupleToHyperlinkValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.TupleToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.TupleToIntValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.TupleToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.TupleToLongValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.TupleToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.TupleToMrefValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.TupleToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.TupleToStringValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.TupleToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.TupleToTextValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.TupleToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.TupleToXrefValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.TupleToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.utils.ValueCell<T> (implements org.molgenis.util.tuple.Cell<T>)
  • org.molgenis.omx.converters.ValueConverter
  • org.molgenis.omx.observ.value.db.ValueEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.ValueService
  • org.molgenis.omx.observ.value.db.XrefValueEntityImporter (implements org.molgenis.framework.db.EntityImporter)
  • org.molgenis.service.XrefValueService

Interface Hierarchy

• org.molgenis.omx.datasetdeleter.DataSetDeleterService
• org.molgenis.omx.search.DataSetsIndexer
• org.molgenis.util.Entity
  • org.molgenis.omx.core.Autoid
    • org.molgenis.omx.core.Identifiable
  • org.molgenis.omx.auth.ContactInterface
  • org.molgenis.omx.core.Identifiable
  • org.molgenis.omx.auth.PersonInterface
• org.molgenis.omx.converters.TupleToValueConverter<S,T>