Hierarchy For All Packages

Package Hierarchies:

• org.molgenis,
• org.molgenis.omx,
• org.molgenis.omx.auth,
• org.molgenis.omx.config,
• org.molgenis.omx.controller,
• org.molgenis.omx.converters,
• org.molgenis.omx.core,
• org.molgenis.omx.dataset,
• org.molgenis.omx.datasetdeleter,
• org.molgenis.omx.decorators,
• org.molgenis.omx.observ,
• org.molgenis.omx.observ.target,
• org.molgenis.omx.observ.value,
• org.molgenis.omx.protocol,
• org.molgenis.omx.search,
• org.molgenis.omx.services,
• org.molgenis.omx.utils

Class Hierarchy

• java.lang.Object
  • org.molgenis.data.support.AbstractEntity (implements org.molgenis.data.Entity)
    • org.molgenis.omx.observ.Characteristic (implements org.molgenis.data.Entity, org.molgenis.omx.core.Identifiable)
      • org.molgenis.omx.observ.Category (implements org.molgenis.data.Entity)
      • org.molgenis.omx.observ.DataSet (implements org.molgenis.data.Entity)
      • org.molgenis.omx.auth.Institute (implements org.molgenis.omx.auth.ContactInterface, org.molgenis.data.Entity)
      • org.molgenis.omx.observ.ObservableFeature (implements org.molgenis.data.Entity)
      • org.molgenis.omx.observ.ObservationTarget (implements org.molgenis.data.Entity)
        • org.molgenis.omx.observ.target.Individual (implements org.molgenis.data.Entity)
        • org.molgenis.omx.observ.target.Panel (implements org.molgenis.data.Entity)
      • org.molgenis.omx.observ.target.OntologyTerm (implements org.molgenis.data.Entity)
        • org.molgenis.omx.observ.target.Accession (implements org.molgenis.data.Entity)
        • org.molgenis.omx.auth.PersonRole (implements org.molgenis.data.Entity)
        • org.molgenis.omx.observ.target.Species (implements org.molgenis.data.Entity)
      • org.molgenis.omx.auth.Person (implements org.molgenis.data.Entity, org.molgenis.omx.auth.PersonInterface)
      • org.molgenis.omx.observ.Protocol (implements org.molgenis.data.Entity)
    • org.molgenis.omx.core.FreemarkerTemplate (implements org.molgenis.omx.core.Autoid, org.molgenis.data.Entity)
    • org.molgenis.omx.core.MolgenisEntity (implements org.molgenis.omx.core.Autoid, org.molgenis.data.Entity)
    • org.molgenis.omx.observ.value.MrefValue_Value (implements org.molgenis.data.Entity)
    • org.molgenis.omx.observ.ObservableFeature_Definitions (implements org.molgenis.data.Entity)
    • org.molgenis.omx.observ.ObservationSet (implements org.molgenis.omx.core.Autoid, org.molgenis.data.Entity)
    • org.molgenis.omx.observ.ObservedValue (implements org.molgenis.omx.core.Autoid, org.molgenis.data.Entity)
    • org.molgenis.omx.observ.target.Ontology (implements org.molgenis.data.Entity, org.molgenis.omx.core.Identifiable)
    • org.molgenis.omx.observ.target.Panel_Individuals (implements org.molgenis.data.Entity)
    • org.molgenis.omx.observ.target.PanelSource (implements org.molgenis.omx.core.Autoid, org.molgenis.data.Entity)
    • org.molgenis.omx.observ.Protocol_Features (implements org.molgenis.data.Entity)
    • org.molgenis.omx.observ.Protocol_RequiredFeatures (implements org.molgenis.data.Entity)
    • org.molgenis.omx.observ.Protocol_Subprotocols (implements org.molgenis.data.Entity)
    • org.molgenis.omx.core.RuntimeProperty (implements org.molgenis.data.Entity, org.molgenis.omx.core.Identifiable)
    • org.molgenis.omx.observ.value.Value (implements org.molgenis.omx.core.Autoid, org.molgenis.data.Entity)
      • org.molgenis.omx.observ.value.BoolValue (implements org.molgenis.data.Entity)
      • org.molgenis.omx.observ.value.CategoricalValue (implements org.molgenis.data.Entity)
      • org.molgenis.omx.observ.value.DateTimeValue (implements org.molgenis.data.Entity)
      • org.molgenis.omx.observ.value.DateValue (implements org.molgenis.data.Entity)
      • org.molgenis.omx.observ.value.DecimalValue (implements org.molgenis.data.Entity)
      • org.molgenis.omx.observ.value.EmailValue (implements org.molgenis.data.Entity)
      • org.molgenis.omx.observ.value.HtmlValue (implements org.molgenis.data.Entity)
      • org.molgenis.omx.observ.value.HyperlinkValue (implements org.molgenis.data.Entity)
      • org.molgenis.omx.observ.value.IntValue (implements org.molgenis.data.Entity)
      • org.molgenis.omx.observ.value.LongValue (implements org.molgenis.data.Entity)
      • org.molgenis.omx.observ.value.MrefValue (implements org.molgenis.data.Entity)
      • org.molgenis.omx.observ.value.StringValue (implements org.molgenis.data.Entity)
      • org.molgenis.omx.observ.value.TextValue (implements org.molgenis.data.Entity)
      • org.molgenis.omx.observ.value.XrefValue (implements org.molgenis.data.Entity)
  • org.molgenis.data.support.AbstractEntityMetaData (implements org.molgenis.data.EntityMetaData)
    • org.molgenis.omx.dataset.DataSetEntityMetaData
    • org.molgenis.data.support.DefaultEntityMetaData (implements org.molgenis.data.EditableEntityMetaData)
      • org.molgenis.omx.observ.target.AccessionMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.value.BoolValueMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.value.CategoricalValueMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.CategoryMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.CharacteristicMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.DataSetMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.value.DateTimeValueMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.value.DateValueMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.value.DecimalValueMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.value.EmailValueMetaData
      • org.molgenis.omx.core.FreemarkerTemplateMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.value.HtmlValueMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.value.HyperlinkValueMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.target.IndividualMetaData
      • org.molgenis.omx.auth.InstituteMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.value.IntValueMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.value.LongValueMetaData
      • org.molgenis.omx.core.MolgenisEntityMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.value.MrefValue_ValueMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.value.MrefValueMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.ObservableFeature_DefinitionsMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.ObservableFeatureMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.ObservationSetMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.ObservationTargetMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.ObservedValueMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.target.OntologyMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.target.OntologyTermMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.target.Panel_IndividualsMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.target.PanelMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.target.PanelSourceMetaData
      • org.molgenis.omx.auth.PersonMetaData
      • org.molgenis.omx.auth.PersonRoleMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.Protocol_FeaturesMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.Protocol_RequiredFeaturesMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.Protocol_SubprotocolsMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.ProtocolMetaData
      • org.molgenis.omx.core.RuntimePropertyMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.target.SpeciesMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.value.StringValueMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.value.TextValueMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.value.ValueMetaData
      • org.molgenis.omx.observ.value.XrefValueMetaData
    • org.molgenis.omx.protocol.OmxLookupTableEntityMetaData
    • org.molgenis.omx.protocol.ProtocolEntityMetaData
  • org.molgenis.data.support.AbstractRepository (implements org.molgenis.data.Repository)
    • org.molgenis.data.support.AbstractCrudRepository (implements org.molgenis.data.CrudRepository)
      • org.molgenis.data.jpa.JpaRepository
        • org.molgenis.omx.observ.target.AccessionRepository
        • org.molgenis.omx.observ.value.BoolValueRepository
        • org.molgenis.omx.observ.value.CategoricalValueRepository
        • org.molgenis.omx.observ.CategoryRepository
        • org.molgenis.omx.observ.CharacteristicRepository
        • org.molgenis.omx.observ.DataSetRepository
        • org.molgenis.omx.observ.value.DateTimeValueRepository
        • org.molgenis.omx.observ.value.DateValueRepository
        • org.molgenis.omx.observ.value.DecimalValueRepository
        • org.molgenis.omx.observ.value.EmailValueRepository
        • org.molgenis.omx.core.FreemarkerTemplateRepository
        • org.molgenis.omx.observ.value.HtmlValueRepository
        • org.molgenis.omx.observ.value.HyperlinkValueRepository
        • org.molgenis.omx.observ.target.IndividualRepository
        • org.molgenis.omx.auth.InstituteRepository
        • org.molgenis.omx.observ.value.IntValueRepository
        • org.molgenis.omx.observ.value.LongValueRepository
        • org.molgenis.omx.core.MolgenisEntityRepository
        • org.molgenis.omx.observ.value.MrefValue_ValueRepository
        • org.molgenis.omx.observ.value.MrefValueRepository
        • org.molgenis.omx.observ.ObservableFeature_DefinitionsRepository
        • org.molgenis.omx.observ.ObservableFeatureRepository
        • org.molgenis.omx.observ.ObservationSetRepository
        • org.molgenis.omx.observ.ObservationTargetRepository
        • org.molgenis.omx.observ.ObservedValueRepository
        • org.molgenis.omx.observ.target.OntologyRepository
        • org.molgenis.omx.observ.target.OntologyTermRepository
        • org.molgenis.omx.observ.target.Panel_IndividualsRepository
        • org.molgenis.omx.observ.target.PanelRepository
        • org.molgenis.omx.observ.target.PanelSourceRepository
        • org.molgenis.omx.auth.PersonRepository
        • org.molgenis.omx.auth.PersonRoleRepository
        • org.molgenis.omx.observ.Protocol_FeaturesRepository
        • org.molgenis.omx.observ.Protocol_RequiredFeaturesRepository
        • org.molgenis.omx.observ.Protocol_SubprotocolsRepository
        • org.molgenis.omx.observ.ProtocolRepository
        • org.molgenis.omx.core.RuntimePropertyRepository
        • org.molgenis.omx.observ.target.SpeciesRepository
        • org.molgenis.omx.observ.value.StringValueRepository
        • org.molgenis.omx.observ.value.TextValueRepository
        • org.molgenis.omx.observ.value.ValueRepository
        • org.molgenis.omx.observ.value.XrefValueRepository
    • org.molgenis.omx.dataset.AbstractDataSetMatrixRepository
      • org.molgenis.omx.dataset.DataSetMatrixRepository (implements org.molgenis.data.Countable)
    • org.molgenis.omx.protocol.CategoryRepository (implements org.molgenis.data.Countable)
    • org.molgenis.omx.protocol.OmxLookupTableRepository (implements org.molgenis.data.Queryable, org.molgenis.data.Writable)
    • org.molgenis.omx.protocol.ProtocolTreeRepository (implements org.molgenis.data.Countable)
  • org.molgenis.omx.search.AsyncDataSetsIndexer (implements org.molgenis.omx.search.DataSetsIndexer, org.springframework.beans.factory.InitializingBean)
  • org.molgenis.omx.config.DataExplorerConfig
  • org.molgenis.omx.datasetdeleter.DataSetDeleterServiceImpl (implements org.molgenis.omx.datasetdeleter.DataSetDeleterService)
  • org.molgenis.omx.controller.DataSetsIndexerStatusController
  • org.molgenis.omx.converters.EntityToBoolValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.EntityToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.EntityToCategoricalValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.EntityToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.EntityToDateTimeValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.EntityToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.EntityToDateValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.EntityToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.EntityToDecimalValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.EntityToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.EntityToEmailValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.EntityToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.EntityToHtmlValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.EntityToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.EntityToHyperlinkValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.EntityToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.EntityToIntValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.EntityToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.EntityToLongValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.EntityToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.EntityToMrefValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.EntityToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.EntityToStringValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.EntityToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.EntityToTextValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.EntityToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.converters.EntityToXrefValueConverter (implements org.molgenis.omx.converters.EntityToValueConverter<S,T>)
  • org.molgenis.omx.utils.I18nTools
  • org.molgenis.omx.search.IndexingEventListener (implements org.springframework.context.ApplicationListener<E>)
  • org.molgenis.model.elements.Model (implements java.io.Serializable)
    • org.molgenis.JDBCMetaDatabase
  • org.molgenis.omx.MolgenisDbSettings (implements org.molgenis.framework.server.MolgenisSettings)
  • org.molgenis.framework.ui.MolgenisPluginController
    • org.molgenis.omx.datasetdeleter.DataSetDeleterController
    • org.molgenis.omx.controller.DataSetsIndexerController
  • org.molgenis.omx.decorators.NameConvention
  • org.molgenis.omx.protocol.ObservableFeatureAttributeMetaData (implements org.molgenis.data.AttributeMetaData)
  • org.molgenis.omx.OmxConfig
  • org.molgenis.omx.protocol.OmxLookupTableRepositoryRegistrator (implements org.springframework.context.ApplicationListener<E>, org.springframework.core.Ordered)
  • org.molgenis.omx.protocol.ProtocolAttributeMetaData (implements org.molgenis.data.AttributeMetaData)
  • org.molgenis.omx.utils.ProtocolUtils
  • org.molgenis.omx.services.Report
  • org.molgenis.data.RepositoryDecorator (implements org.molgenis.data.Repository)
    • org.molgenis.data.CrudRepositoryDecorator (implements org.molgenis.data.CrudRepository)
      • org.molgenis.omx.decorators.EmailValueDecorator
      • org.molgenis.omx.decorators.HyperlinkValueDecorator
  • org.molgenis.omx.RepositoryTemplateLoader (implements freemarker.cache.TemplateLoader)
  • org.molgenis.omx.RepositoryTemplateLoader.TemplateSource
  • org.molgenis.omx.services.StorageHandler
  • java.lang.Throwable (implements java.io.Serializable)
    • java.lang.Exception
      • org.molgenis.omx.converters.ValueConverterException
  • org.molgenis.omx.utils.ValueCell<T> (implements org.molgenis.util.Cell<T>)
  • org.molgenis.omx.converters.ValueConverter

Interface Hierarchy

• org.molgenis.omx.datasetdeleter.DataSetDeleterService
• org.molgenis.omx.search.DataSetsIndexer
• org.molgenis.omx.converters.EntityToValueConverter<S,T>
• java.io.Serializable
  • org.molgenis.omx.core.Autoid
    • org.molgenis.omx.core.Identifiable
  • org.molgenis.omx.auth.ContactInterface
  • org.molgenis.data.Entity
    • org.molgenis.omx.core.Autoid
      • org.molgenis.omx.core.Identifiable
    • org.molgenis.omx.auth.ContactInterface
    • org.molgenis.omx.core.Identifiable
    • org.molgenis.omx.auth.PersonInterface
  • org.molgenis.omx.core.Identifiable
  • org.molgenis.omx.auth.PersonInterface