Hierarchy For All Packages

Package Hierarchies:

• org.pharmgkb.parser.vcf,
• org.pharmgkb.parser.vcf.model,
• org.pharmgkb.parser.vcf.model.genotype

Class Hierarchy

• java.lang.Object
  • org.pharmgkb.parser.vcf.model.AltStructuralVariant
  • org.pharmgkb.parser.vcf.model.BaseMetadata
    • org.pharmgkb.parser.vcf.model.IdMetadata
      • org.pharmgkb.parser.vcf.model.ContigMetadata
      • org.pharmgkb.parser.vcf.model.IdDescriptionMetadata
        • org.pharmgkb.parser.vcf.model.FormatMetadata
        • org.pharmgkb.parser.vcf.model.InfoMetadata
  • org.pharmgkb.parser.vcf.MemoryMappedVcfDataStore
  • org.pharmgkb.parser.vcf.MemoryMappedVcfDataStore.Genotype
  • org.pharmgkb.parser.vcf.MemoryMappedVcfDataStore.Locus
  • org.pharmgkb.parser.vcf.MemoryMappedVcfLineParser (implements org.pharmgkb.parser.vcf.VcfLineParser)
  • org.pharmgkb.parser.vcf.MemoryMappedVcfLineParser.Builder
  • org.pharmgkb.parser.vcf.TransformingVcfLineParser (implements java.io.Closeable, org.pharmgkb.parser.vcf.VcfLineParser)
  • org.pharmgkb.parser.vcf.TransformingVcfLineParser.Builder
  • org.pharmgkb.parser.vcf.model.genotype.VcfAllele
  • org.pharmgkb.parser.vcf.model.genotype.VcfGenotype
  • org.pharmgkb.parser.vcf.model.VcfMetadata
  • org.pharmgkb.parser.vcf.model.VcfMetadata.Builder
  • org.pharmgkb.parser.vcf.VcfParser (implements java.io.Closeable)
  • org.pharmgkb.parser.vcf.VcfParser.Builder
  • org.pharmgkb.parser.vcf.model.VcfPosition
  • org.pharmgkb.parser.vcf.model.VcfSample
  • org.pharmgkb.parser.vcf.VcfUtils
  • org.pharmgkb.parser.vcf.VcfWriter (implements java.io.Closeable)
  • org.pharmgkb.parser.vcf.VcfWriter.Builder

Interface Hierarchy

• org.pharmgkb.parser.vcf.model.ReservedProperty
• org.pharmgkb.parser.vcf.VcfLineParser
• org.pharmgkb.parser.vcf.VcfTransformation

Enum Hierarchy

• java.lang.Object
  • java.lang.Enum<E> (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
    • org.pharmgkb.parser.vcf.MemoryMappedVcfLineParser.DuplicateHandler
    • org.pharmgkb.parser.vcf.model.FormatType
    • org.pharmgkb.parser.vcf.model.genotype.VcfAllele.PrimaryType
    • org.pharmgkb.parser.vcf.model.InfoType
    • org.pharmgkb.parser.vcf.model.ReservedFormatProperty (implements org.pharmgkb.parser.vcf.model.ReservedProperty)
    • org.pharmgkb.parser.vcf.model.ReservedInfoProperty (implements org.pharmgkb.parser.vcf.model.ReservedProperty)
    • org.pharmgkb.parser.vcf.model.ReservedStructuralVariantCode
    • org.pharmgkb.parser.vcf.model.SpecialVcfNumber